Jelikož je u atopiků pozměněna funkce imunity, kůže a nervového systému, dochází k rozvoji ekzému již v kojeneckém věku. V období mezi 2 až 5 měsícem života dochází na tvářích, bradě a čele k zarudnutí pokožky. Postupně se začínají vysévat drobné pupínky až puchýřky, jenž se rozšiřují na celou hlavu a následně zasahují i trup a končetiny.Ekzém se vyznačuje úporným svěděním, což nutí dítě ke škrábání, které vyrážku zhoršuje a může do ní zanést infekci. Poté je patrné mokvání, následované tvorbou stroupků a bělavých šupin. Nejsilnější projevy povětšinou nastávají kolem desátého měsíce, kdy na dítě působí velké množství zhoršujících faktorů, mezi něž se počítá i růst zubů. U dětí mívá atopický ekzém vždy individuální průběh a ne vždy se reprezentuje svými typickými příznaky. Poté lze vidět spíše menší jasně ohraničená ložiska bělavých olupujících se šupin.
Hraničním věkem pro kojeneckou formu jsou dva roky. U některých atopiků v tomto období dochází k vymizení příznaků a přechodu do latentní fáze. U těch méně šťastných dochází k přesunu vyrážky do partií kolem loktů, pod kolena, na krk, zápěstí, nárty a hřbet ruky. I když je častější výskyt v těchto partiích, vůbec není vyloučeno i zasažení trupu či celých končetin. Ekzém povětšinou již nemokvá a pokožka je vysušená, zhrublá s tvořícími se šupinkami. Průběžně povětšinou dochází k oslabování intenzity příznaků a nakonec dojde až k úplnému vymizení. U více než poloviny dětí se tak děje v období po sedmém roku života a u valné většiny zbylých dojde k vymizení do 20 roku. K přetrvávání či objevení v dospělosti dochází jen ve výjimečných případech a povětšinou je spojen s těžkým průběhem již v dětství. K atopickému ekzému se pak často přidává astma či mnohočetná alergie.