Na atopický ekzém bohužel neexistuje jednotná léčba, každý pacient je ryze individuální s jinými projevy a příčinou. Za základ léčby je považováno potlačování zevních projevů. V akutních fázích sehrávají svou nezastupitelnou úlohu kortikoidy. Tyto hormonální látky mají silné protizánětlivé účinky, avšak pro jejich vedlejší účinky nejsou vhodné pro dlouhodobější užívání. Pro minimalizování zátěže organismu se používají lokálně v podobě mastí, krémů či roztoků a je vždy potřeba nalézt ten správný druh, jenž je nejúčinnější na daný typ ekzému. Při jejich aplikaci je potřebné se přesně řídit pokyny lékaře, aby nehrozili již zmíněné komplikace, z nichž se může objevit ztenčování kůže nebo tvorba jizviček. Po odeznění akutní fáze se k dohojení využívají nehormonální léčiva. Typickým příkladem je např. zinková pasta, jenž dle potřeby obsahuje celou řadu dalších složek působících protizánětlivě a zmírňující svědění. U pacientů, u nichž je tato klasická léčba neúčinná mají dermatologové k dispozici lék nové generace, imunomodulancia. Ty jsou taktéž k dostání v podobě krému či masti a v místě aplikace potlačují atopické imunitní reakce. Jelikož u nich nejsou známi žádné vedlejší účinky, jsou vhodné i pro dlouhodobé užívání.
Při těžkém průběhu může být místní léčba doplněna o fototerapii. Během ní je využíváno ultrafialového spektra světla, jímž se působí na pokožku. Aby byla tato léčba účinná, je nutné ji podstupovat v pravidelných intervalech, povětšinou 3x týdně po dobu jednoho až tří měsíců. Reakce na fototerapii je u každého jedince individuální. Někomu velice pomáhá, jiný ji může snášet naopak negativně. Tato léčba však není vhodná pro příliš malé děti, pro jejichž pokožku by mohla UV složka záření být příliš agresivní. Krom světloléčby má pozitivní výsledky pobyt na slunci, poté je velice vhodné navštěvovat pravidelně přímořské oblasti či léčebny ve vyšších nadmořských výškách.
Jelikož je atopický ekzém velice blízce spojen s alergií, je poměrně pravděpodobné, že v rámci konvenční léčby bude pacient odeslán na alergologii. Zde se pomocí řady testů bude pátrat po rizikových faktorech zhoršující vyrážku, které je poté v rámci systémových opatření nutné odstranit s okolí atopika. K tlumení nepříjemného svědění může lékař rozhodnout o nasazení antihistaminik, jakožto účinných léků proti alergické reakci.